样品预处理应包括进样前的一切操作，除了称重、溶解、稀释等步骤外，样品需要：①过滤；②萃取；③衍生化(柱前衍生)；④液相色谱(低压柱层析)等。这些操作可以是手工进行或实行自动化操作，样品预处理的目的是除去干扰物、增加检测器灵敏度(富集)、保护色谱柱等。
有些样品经预处理后还不能作进样分析，需进行衍生化处理，使一些无紫外吸收或无荧光的组分，经过衍生化后能用紫外和荧光检测器检测,这样既提高了灵敏度，又改善了分离度(质量变化)。样品预处理的同时也会带来一些问题，如，样品损失、样品被污染、衍生化反映不完全或多种反应物生成等。。。衍生反应常会影响试验的精确度，或者在整个样品预处理过程中带来误差。
用于液相色谱分析的样品溶液必须均匀而无颗粒，有颗粒会损坏进样器并阻塞柱头。处理好的样品在准备上柱前应对准光线摇动，检查样品溶液中有无颗粒。只要看到颗粒、混浊或乳化，就应过滤一下，过滤膜要能截留住0.15μm以上的颗粒，样品过滤的过程中可能引起：样品被污染，因过滤吸附降低样品组分的含量，样品溶剂挥发引起误差。
样品预处理同时也是为了避免色谱分离故障，其中，样品萃取是关键的一步，要从大量的干扰物中萃取出微量组分难度极大。
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【萃取问题】
萃取的目的是从共溶的样品介质中分离出被分析的组分，或者，减少损坏柱的物质(如，蛋白质等)和干扰物。一般采用有机溶剂萃取，要求萃取用的溶剂毒性低、挥发性好、杂质少、对待测样品有良好的溶解度且又与水不相混溶。
常用的有乙醚、醋酸乙酯、二氯甲烷、氯仿、苯或者两种以上的混合溶剂。萃取后一般可直接进样，有时需要浓缩或吹干浓缩，再用定体积的液体或流动相溶解进样。这样增加了样品浓度，提高了灵敏度，同时，避免了溶剂峰对样品峰的干扰。在萃取是要考虑样品分子的溶解能力。除了脂溶性和水溶性组分外，还有用脂溶性的组分制成水溶性的盐，萃取方法如下：
水溶性样品：
1、酸性组分及生成的盐萃取方法：
有机溶剂萃取杂质后调成酸性，再加有机溶剂萃取或进样，或在N2流下吹干，用适当的溶剂解后进样。
2、碱性组分及生成的盐萃取方法：
有机溶剂萃取杂质后调成碱性，再加有机溶剂萃取或进样，或在N2流下吹干，用适当的溶剂溶解后进样。
3、中性组分萃取方法：
①有机溶剂萃取杂质后，直接用反相色谱法分析；
②脂溶性组分萃取方法:有机溶剂萃取或进样，或在N2流下吹干，用适当的溶剂溶解后进样；
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【污染问题】
一般检测的环境、容器、试剂都是影响测定结果的因素。
1、环境污染仪器室的有害气体、气溶液、灰尘等等都能造成污染，影响检测结果，这种污染很难校正。因此，仪器室与其他实验室应隔离，保持清洁，仪器室内应安装空调，注意：防潮、防腐、防震、空气相对湿度应小于70 %为宜。
2、容器实验室常用的器皿有玻璃类、瓷类、石英类、塑料类等，在进行分析时，应按照待则样品的要求来选则器皿，不管使用哪种器皿，容器的洗条清洁都是很重要的，也是取得好的检测结果的基本保证。
3、试剂在液相色谱分析中，所选用的试剂必须是色谱纯、优级纯或分析纯，如果用含量有杂质的试剂，则会出现杂峰而影响测定结果。
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【标准溶液的问题】
在配置标准溶液时，先要配置现定浓度的内标溶液，在标准溶液和样品溶液中最好使用同一批次配制的内标溶液以减少误差。
1、配制标准溶液的物质应当是色谱纯的、性质稳定。
2、常用的标准溶液应存放在棕色溶液瓶中低温保存。
3、在配制维生素类标准品时,要放置在棕色容量瓶中或避光放置以免分解。
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【其他问题】
1、色谱图中出现无关的峰，原因有可能是样品过滤器带来污染，解决方法如下：
（1）将过滤器浸泡在样品溶剂中并进样试验;
（2）改变过滤器类型;
（3）采用交替清洗技术；
2、一些或全部化合物的峰比预期的小，尤其是低浓度的样品，原因可能是样品过滤器表面吸附下降，解决方法如下：
（1）改变过滤器类型；
（2）严格按相同条件处理所用样品；
（3）采用交替清洗技术。
3、回收率太低或差，原因可能是，萃取不完全，解决方法如下：
（1）增加萃取时间，使用热溶剂；
（2）修改清洗方法；
4、色谱峰变宽，柱寿命缩短，原因可能是样品带来的干扰与污染，应改进清洗方法。
5、精度差，原因可能是回收不完全，解决方法如下：
（1）改进或替换衍生化、分离、萃取或其他条件；
（2）用自动化处理装置提高精度；
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【小结】
总之，对分析仪器来说，避免故障的最主要的做法是正确的操作和调节，切忌盲目操作，对核心部位如离子室、微电流放大器等减少震动和碰撞，保证绝缘，并减少各种系统误差要注意以上要点，但，还要注意日常的仪器保养，色谱柱子的维护，仪器室保持清洁，这样才能使液相色谱处于最佳工作状态，在分析中发挥其重要的作用。
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